В марте 1918 года Академия перешла в подчинение Петроградского окружного санитарного управления . Был восстановлен 5-летний срок обучения и прикомандирование врачей для усовершенствования. В связи притоком в стены Академии рабоче-крестьянской молодежи резко меняется социальный состав студентов. В следующие два года в связи с реформой народного образования над Академией дважды нависала угроза принадлежности к Военному ведомству. Благодаря вмешательству начальника ГВСУ З.П.Соловьева удалось сохранить академию для Красной Армии.